Morsi también nombró a un juez, Mahmud Mekky, como su vicepresidente.
Entre los militares removidos están Hussein Tantawi, quien asumió el mando del país tras el derrocamiento de Hosni Mubarak en 2011.
Un miembro del consejo militar dijo que Morsi, islamista moderado elegido en junio con poderes constitucionales circunscritos por los generales, consultó a Tantawi, de 76 años, y al general Sami Enan, de 64 años, jefe del Estado Mayor, antes de solicitarles su retiro.
Los militares fueron nombrados consejeros del presidente. En su lugar se nombró como jefe del Ejército y ministro de Defensa al general Abdel Fattah al Sisi.
La decisión talvez más controvertida fue una nueva declaración constitucional que anula la aprobada por la Junta Militar en junio, tras las elecciones.
Además, Morsi tomó control del proceso de redacción de una nueva carta magna. Decidió que si el panel de 100 miembros que redacta el documento no completa su trabajo designará otro en 15 días y le dará tres semanas. El texto será puesto a votación en un plebiscito nacional dentro de los 30 días.
Si se aprueba, se realizarán elecciones parlamentarias.
La medida parece indicar un reordenamiento sustancial de las fuerzas políticas en Egipto tras seis décadas de régimen militar.